Premiere in Deutschland: am 09. April 2009 bei RTL2
Der 11. Pokemon Kinofilm ist eine Besonderheit, da er die Geschichte des 10. Pokemon Kinofilmes "Der Aufstieg Darkrais" fortsetzt. Gemeinsam mit dem 12. Pokemon Kinofilm bilden alle eine Trilogie um einen langen Storyplot abzuschließen. So wird in Folge der heftigen Kämpfe in Alamos Stadt am Ende des 10. Kinofilmes das Zeit-/Raumkontinuum verändert, was dazu führt, dass das legendäre Giratina von einer Art Wolke befallen wird, die es verändert. Giratina versucht daraufhin Dialga zu sich zu locken um sich an ihr zu rächen.
Ash und seine Freunde werden unterdessen von legendären Shaymin besucht, welches sie in ein Blumenparadies mitnimmt um Giratinas Pläne zu verhindern. Dabei kommt ihnen der Gauner Zero mit seiner Armee aus einem Magnezone und vielen Magnetilo in die Quere, der sich einbildet Giratina fangen zu können um mit ihr mächtiger zu werden...