Nachdem in der letzten Folge unsere Freunde wegen Team Rocket von Border der Moosbach-Fähre gefallen sind, befinden sich alle im Wasser. Auf Baumstämmen treiben Ash, Maike, Max und Rocko dahin bis ein U-Boot genau unter ihnen auftaucht...
War das Glück und alle sind nun gerettet? Nicht ganz, denn das U-Boot gehört Team Magma und ist gerade auf dem Weg zu einer Geheimbasis. Unsere Freunden bleiben zuerst unentdeckt bis sie in der Geheimbasis sind. Doch der Team Magma Chef Mark nimmt ihnen die Infiltrierung nicht übel und erklärt ihnen sogar seinen Plan.
Was niemand bemerkt hat... an Bord des U-Boots war ein Team Aqua-Mitglied, welches sich ebenfalls in die Team Magma Basis geschlichen hat. Nachdem sie die Wachen überwältigt hat, erreicht sie einen Raum in dem das legendäre Kyogre gefangen gehalten wird. Unsere Freunde erfahren inzwischen von Team Magma Chef Mark, dass man dieses Pokemon mit einer blauen Kugel kontrollieren kann. Soweit ist Team Magma sehr glücklich, doch leider besitzt Team Aqua die rote Kugel und das legendäre Groudon. Doch Team Magma weiß wo Groudon gefangen gehalten wird: Bei der Monsun-Insel!...