Also an sich finde ich die Idee mit mehreren Schurken-Teams nicht schlecht. Wenn ich mir dann aber vorstelle z.B. Team Rocket, Team Magma und Team Aqua in einem Spiel, was sollen die denn alle machen? Magma & Aqua gehen ihr Legendäres erwecken in der Zeit verprügelst du noch die ganzen Rocket Mitglieder im Radioturm? Das könnte dann sehr stressig während der Story werden xD
Wenn müssten die Teams schon gut integriert werden und aufeinander abgestimmt sein. Und es muss sich auch einfach ergeben, z.B. in ORAS hätte man N und Co mit einbinden können, immerhin tauchen Reshiram und Zekrom ja auf (zwar nur wenn man sie denn suchen geht, aber da hätte man halt bevor man zu dem Legi kommt z.B. eine kurze Zwischensektion mit N einbauen können).
Ansonsten würde mir das zu stressig werden, je nachdem welche Teams man einbaut und welche Ziele die grade verfolgen, die meisten wollen ja die Welt zerstören :D