Eine Stimme aus dem Nebel spricht mit dir, du verstehst sie zuerst nicht, doch irgendwann hörst du sie klarer.
Sie bittet dich das Lugia XD, das bald wieder erschaffen werden sollte, in Normalform zurückzuverwandeln und womöglich aufzuhalten.
Dies wäre die Schuld vom Team Crypto aus der Orre-Region die Pokemon in Crypto-Pokemon verwandelten.
Da du natürlich wieder als Held auserwählt wurdest, fragt sie dich, da ihr beide im Nebel eines Traumes seid, welches Geschlecht du besitzt und wie du heißt.
Die Auswahl des Geschlechtes ist weiblich, männlich und geschlechtlos.
Dein Ziel ist es Lugia XD in seiner Normalform zurückzubringen. Du wirdst Crypto-Pokemon aus Colosseum und XD begegnen soweit du gegen Team Crypto kämpfst und werden sich dir, nachdem du sie besiegt hast, anschließen.
Diese kannst du bei Celebi in der Normalform zurückverwandeln ( Im späteren Verlauf ) um als Belohnung, wenn du alle Pokemon zurückverwandelst, Celebi zu bekommen oder später in der Crypto-Maschine in der Team-Crypto Basis zurückzuverwandeln in ein Crypto Pokemon. ( Das gilt allerdings nur für die Pokemon die schon einmal Crypto waren)
In jedem Pokemoncenter kann es geschiehen, dass sich ein Pokemontrainer findet, der ein bestimmtes, im Spielverlauf nicht entwickelbares, Pokemon im Tausch zu Pokemon eines bestimmten Types anbietet.
Diese Pokemon die dir angetauscht werden können sind Pokemon die du nur per Tausch oder per Tausch mit Item erhälst. Pokemon der bestimmten Typen die du nicht wegtauschen kannst sind Legendäre oder Einzigartig erhaltbare Pokemon.
Pokemon die sich per Item entwickeln, die aber keine Entwicklungssteine benötigen, können sich per Zuneigung am Tag/Nacht Prinzip entwickeln.
Entwicklungssteine sind nun schmiedbar bei einem Schmied mit einem Glutexo, indem du für ihn bestimmte Splitter eintauscht.
Der Kampf auf dem Felde gegen ein wildes Pokemon ist meist ein 1 vs 1. Gegen einen Trainer 1 vs 1 oder 2 v 2. Gegen zwei Trainer meist 2 v 2 oder 4 v 4. Ein Legendäres Pokemon darf auch 6 v 1 beginnen.
In den Dungeons findest du Items und wilde Pokemon, manchmal findet man auch einen Trainer in den Dungeons, die meisten wird man aber in Städten und Turnieren auffinden.
In jeder Stadt befindet sich ein Arenaleiter und ein Turnier, das man gewinnen muss, um erst den Arenaleiter herauszufordern.
Turnierkämpfe gehen gegen 3 Pokemontrainer.
In Dungeon erwarten dich ganz oben oder unten einen Endboss der meist ein anderes Pokemon sein wird (Durch eine % Chance verlost).
Ausnahme dabei sind Legendäre Pokemon. Sie sind 100% als Endboss auf dem bestimmten Dungeon findbar und hat eine % Chance nach dem ersten Sieg sich dir anzuschließen und sind immer wieder bekämpfbar.
Die Auswahl von Junge und Mädchen macht dich zu einem Pokemon-Trainer, die Auswahl des Geschlechtlosen zu einem Ditto das mit einem im Labor findbaren Pokemon zusammentrifft. Es verwandelt sich in dieses Pokemon, zerbricht allerdings beim Aufprall eine Glasscheibe mit einem Stein das dem Ditto wohl dazu verfluchte (Im guten oder schlechten Sinne) dieses verwandelte Pokemon auf Ewig zu bleiben und sich entwickeln zu können (Im späteren Verlauf).
Der Junge bekommt die Auswahl folgender Starterpokemon: Phanpy, Riolu, Sheinux. Außerdem ist das Symbol der Anfangsstart eine Statur von Zekrom.
Das Mädchen hat eher die Auswahl von Eneco, Evoli und Vulpix. Die Statur ist Reshiram.
Als Ditto wirdst du dich in ein Nebulak, Abra oder Sniebel verwandeln. Das Symbol wird Kyurem sein.