Deutsche DVD-Release am 13. April 2004
Einer Legende zufolge wurde eine Stadt vor langer Zeit durch böse Monster bedroht. Niemand konnte sie aufhalten. Doch da verwandelten sich zwei Kinder in die Pokemon Latios und Latias und vertrieben mit ihren Freunden das Böse aus der Stadt. Damit nie wieder das Böse zurückkehren konnte, hinterließen sie in der Stadt einen Kristall namens "Herztropfen". Zusätzlich besuchten sie immer wieder den Ort, wo sich dieser Kristall aufhielt. Seit dem tauchten nie wieder böse Monster auf der Insel auf...
Das Szenario wechselt zur Gegenwart, wo wie zwei Dieben zusehen, die aus einer Bibliothek ein antikes Buch mit genau dieser Legende klauen. Dabei hinterlassen die Diebe eine rote Rose sowie eine Karte mit zwei herzartigen Symbolen. Anschließend verschwinden beide aus der Bibliothek und fahren mit ihrem High-Tech-Auto davon um dieses kurz darauf in ein High-Tech-Flugzeug zu verwandeln. Zielort ist die Wasserstadt Altomare, die offenbar in der Legende erwähnt wurde. Zielobjekt der beide Diebe ist natürlich der Herztropfen und ein bisher undefinierter anderer Schatz...
Ash, Misty und Rocko halten sich zur Zeit gerade ebenfalls in der Wasserstadt Altomare auf um dort an dem berühmten jährlichen Wasserpokemon-Rennen teilzunehmen, bei dem ein wunderschöner Kristallorden als Preis winkt. Während Rocko die beiden anfeuert, liefern sich Ash, Misty und andere Trainer ein hartes Rennen durch die zahlreichen Wasserwege von Altomare, welches optisch stark an das italienische Venedig erinnert. Misty tritt dabei mit ihrem Corasonn an, während Ash es mit Karnimani versucht.
Zu Beginn gibt es ein sehr ausgeglichenes Rennen, bei dem sich Ash, Misty und ein Junge die Spitze teilen. Nach einiger Zeit stürzt Ash jedoch ins Wasser und fällt zurück. Was er dabei nicht merkt, ist daß Latias ihm anschließend hilft die verlorene Zeit wieder aufzuholen, kurz vor dem Ziel aber in eine Nebengasse abbiegt, so daß Ash doch nicht gewinnt. Sieger des Rennens wird Misty mit ihrem Corasonn, woraufhin sie auch den hübschen Preis erhält. Der zweitplatzierte, Rossi, der letztes Jahr der Sieger war, lädt Misty und ihre Freunde zusätzlich auf seine Gondel zu einer Stadtbesichtigung ein, was diese natürlich nicht ablehnen.
Während Ash, Misty und Rocko nun bei einer Gondelfahrt die Stadt von Rossi gezeigt bekommen, suchen die beiden Buchdiebe in der Stadt nach Latios und Latias. An einem großen Plaza gelingt ihnen das auch mit Hilfe einer Wärmebildkamera, da Latias und Latios in ihrer Tarnung wie Menschen aussehen, aber über geringere Körpertemperaturen verfügen. Beide sprigen daraufhin in ein Motorboot und rasen zu dem Ort, wo sie Latias entdeckt haben...