Ich sortiere meine Boxen nach Typ, wobei ich Typen, die nur wenige Vertreter haben, zusammenfasse. Z.B. kommen Eis und Drachen in eine Box (ich bin böse, ich weiß). Auch gerne zusammen stecke ich Flug und Boden oder Kampf und Psycho.
Mit X/Y und dem Füllen des nationalen Dexes hat aber fast jeder Typ eine eigene Box und einige mussten sogar auf zwei Boxen geteilt werden, da es zuviele Vertreter gibt, wie z.B. Wasser- oder Normal-Pokémon. Pflanzen gibt es irgendwie auch ne riesige Menge...
Weiterhin habe ich jetzt Boxen für DV-Pokémon erstellt. Gerade im Wundertausch hat man eine gute Chance, "Zuchtreste" zu erhalten und diese weiterverwenden zu können für die eigene Züchtung. Daher werden die DV-Pokémon markiert und kommen in die für sie passende Box. So hat man einen schönen Überblick, welches Pokémon man am Besten zum Züchten nutzen kann.
Auch die Pokémon-Bank wird benutzt... dort befinden sich momentan sämtliche meiner Legis, da sie zum Züchten nicht zu gebrauchen sind und in meinen Boxen bloß sinnlos Platz wegnehmen. Auch die ganzen Event-Pokémon, die ja in der Regel eh Legis sind, sind auf der Bank sowie die Teams meiner alten Editionen, die ich dort hingetan habe, um die alten Editionen bei Bedarf neu anfangen zu können.