Ich sortiere sie eigentlich nach Pokédex-Nummer, wobei immer mit einer neuen Generation auch eine neue Box beginnt. Sieht dann am Anfang z.B. so aus:
1.1
1.2
1.3
2.1
2.2
usw...
Dann kommen ein paar leere Boxen, wo neues Zeugs reinkommt bevor es sortiert wird xD
Dann kommen zwei Boxen mit den competitive Pokémon, darauf folgen Boxen mit besonderen Pokémon wie Legendären, Startern, Shinies etc. Ganz am Schluss folgen dann 1-2 Boxen für meine Team-Pokémon.