Das Problem an der Theorie ist aber folgendes:
Wenn man Tragosso züchtet, egal ob die Mutter ein Knogga oder eben ein Tragosso ist, dann kann man immerhin mehr als ein Tragosso aus Eiern bekommen, wodurch der PokéDex-Eintrag schonmal vernichtet wird. Des Weiteren stirbt die Mutter bei den Züchtungen ja nicht, weshalb die Baby-Tragosso eigentlich keinen Schädel tragen dürften.
In einer Sache könnte man den Pokédex-Eintrag aber auch ein klein wenig nachvollziehen, indem man die Vererbung miteinbezieht. Da die Baby-Tragosso immer nach der Mutter kommen, wird alles an genetischen Material mitgegeben, was den Schädelwuchs beeinflusst. Egal ob die Mutter ein Knogga oder Tragosso ist, der Knochenschädel wächst anhand der Gene wie eine exakte Kopie heran, selbst dann, wenn sich Tragosso irgendwann weiterentwickelt.
Das Tragosso anscheinend den Schädel seiner toten Mutter trägt, lässt sich vllt. nur damit erklären, dass der Schädel durch die Genetik eben gleich aussieht und diese Boden-Pokémon eine für sich genommene kurze Lebenszeit aufweisen könnten. Wenn also die Mutter stirbt und eines ihrer Junge in der Nähe war, so werden die Menschen in früheren Zeiten gedacht haben, dass sich die wilden Tragosso den Schädel ihrer Verstorbenen aufsetzten.
Eine weitere meiner Vermutungen wäre, dass der äußere Knochenschädel auf Tragossos und Knoggas Kopf eine Art Exoskelett darstellt. Soll meinen, dass der Schädel die Kopfform zusammenhält und den Kopf selber vor Schäden von außen schützt. Dies würde bedeutet, dass Tragosso bei der geburt selber keine Schädelknochen besitzt und daher als Ersatz den äußeren Knochenschädel der Mutter erhält, der wie gesagt, eine genetisch exakte, aber in der Entwicklung formbare Kopie.