Was für ein 3DS Modell hast du den?
Ich frage weil beim Spiel Bravely Second hat es sich bei einem Kampf immer aufgehangen, wenn ich bestimmte Fähigkeiten benutzt habe und vorgespult hatte (war ne Funktion in dem Spiel). Nachdem ich etwas im Internet nachgeforscht hatte, hab ich herausgefunden, dass das Spiel wohl für den normalen 3DS programmiert war, ich habs aber auf dem New 3DS gespielt und dadurch kann es zu dem Fehler kommen.
Ich glaube zwar nicht, dass bei Pokemon dies ebenfalls der Fall ist, weil sonst wäre es ja häufiger aufgetreten und man hätte sicher davon schon gehört.
Eine weitere Idee, legen Spiele nicht immer Zusatzdaten im DS an? Evtl. sind von dem "kaputten" Spielstand noch Daten auf der SD-Karte/ DS-Speicher gewesen und die werden dann halt auch von dem neuen Spiel geladen und daran liegt es, oder evtl. hat deine SD Karte einen leichten Knacks oder sitzt nicht mehr richtig im DS. Zwar sollte das Spiel dann nicht nur an dieser Stelle hängen bleiben, aber einen Versuch ist es ja vielleicht wert.
Ansonsten könnte es wirklich an deinem DS liegen. Ich rate dir aber auch dazu einfach mal bei Nintendo anzurufen und zu fragen. Nach meiner Erinnerung hab ich dort immer schnell jemanden am Telefon gehabt und die haben mir auch immer weitergeholfen.
Ich drücke dir die Daumen das du bald in Ruhe Pokemon spielen kannst.