also ich sage es mal so wie es eig ablaufen sollte:
du kommst in seegrasulb city an, fightest mit deinem rivalen, machst irgendwas oder gehst auf route 121 zurpck und gehst zum pyroberg.
dannsiehst du auf der spitze zu, wie die kugeln geklaut werden.
danach fliegst du nach graphitport city und gehst ganz nach oben. dort müsste nun eine menschenmenge zu sehen sein.
dort sprichst du mit dem prof der da steht. (ka wie den sonst bezeichnen sollte halt typ mit brille) der gibt den reportern ein interview und dann sagt er was. dann hört man team aqua. dann läust dumit dem typ in das gebäude rein und siehst wie die von team aqua das uboot stehlen.
danach fliegst du nach seegrasulb city zurück und gehst in die höhle. die zwei die den eingang blockiert haben müssten nun weg sein^^