Nachdem das meist große Mengen an Pokémon sind, habe ich das nie direkt hinterfragt, weil es dafür schon irgendwelche zuständigen Leute geben wird. Ansonsten müsste man wohl auch die Frage stellen, warum man einfach so Pokémon in ihren Bällen lagern kann, ohne dass sie irgendwelche psychischen Schäden durch die Isolation davontragen. Spiellogik auf unsere Welt zu übertragen ist meist ohnehin eher schwierig und im Anime wird die Frage, was mit den Pokémon passiert, zufriedenstellender gelöst. Die Trainer haben allerdings auch von vornherein weniger Pokémon und die Wahrscheinlichkeit, dass eines freigelassen wird, ist dementsprechend niedriger.
Am nachvollziehbarsten wäre in meinen Augen aber, dass sie an Ort und Stelle versuchen, das Gebiet zu besiedeln und so für eine Verschiebung des Ökosystems sorgen. Das würde wiederum einige Regionalformen erklären, die sich an ihre neue Umgebung angepasst haben.