Das hab ich mich auch schon gefragt... Lösung 1 kann es eig. nicht sein, schließlich war im 8. Kinofilm Lucario ja auch in seinem Stab eingesperrt, nachdem Aaron gestorben war...Wahrscheinlich müssen sie tatsächlich warten, bis sie befreit werden. Danach können sie ja in die Wildnis zurückkehren oder zur Familie des Trainers zurückkehren...wenn sie den Verlust verkraften.
Btw, soweit ich weiß, ist Ash im 1. Film ja auch gestorben (wurde später wiederbelebt). Seine Pokémon wurden nicht von selbst befreit, aber bestimmt hätten die Rocko und Misty sich um sie gekümmert.