Also das kann ich so wirklich gar nicht bestätigen. Du hast wohl einfach nur extremes Pech gehabt. Ich brauche immer unter 200 Versuche, an einem Tag habe ich mit zwei Freunden immer mal wieder den 3DS gewechselt und jeder hat es versucht, wir haben in kürzester Zeit 5 Shiny bekommen. Ich hab in über 2000 Spielstunden XY und ORAS nur sechs Zufalls-Shiny im Gras bekommen 3 ohne Schillerpin und 3 mit Schillerpin und die meiste Zeit hab ich mit Schillerpin gesucht. Bei der Spieldauer ist das auch eine representative Aussage. Und ich bin wirklich vielen Pokémon begegnet ohne eine andere Shiny Methode zu benutzen.
Ich hab jetzt mehr als 250 Shiny mit den Doppelten sind es bestimmt schon weit über 500 und eine Freundin von mir hat in etwa gleich viel, und wir können alle gängigen Methoden bestätigen auch die Multi-Nav. Gerade bei der von Dir angesprochene Masuda Methode habe ich in der Hälfte der Fällen über 500 Eier gebreucht ein paar mal sogar über 1000 oder 1500, im Schnitt liege ich fast genau auf der Wahrscheinlichkeitsangabe. Und Deine Aussage: "Das ist nur eine Wahrscheinlichkeit Angabe, das Bedeutet nur das du bei 1366 Pokémon 100%tig (genauer 99,99%) ein Shiny findest. 
Bei 800 Pokémon dürfte die Chance bei ca. 40% liegen, auch sehr hoch. " ist einfach falsch. Siehe folgende Tabelle aus dem Pokewiki, die die wirklichen Wahrscheinlichkeiten bei Anzal von Begegnungen anzeigt:
[Blockierte Grafik: http://i.imgur.com/1ASPTxZ.png]
Du hattest bei der Masuda Methode einfach immer extremes Glück und bei der Multi Nav Methode extremes Pech, das heißt aber nicht, dass die von fast allen anerkannte Multi-Nav Methode falsch ist. Ein Freund von mir hat auch alle Legendären extrem schnell resettet,bei vielen sogar unter 100, aber ich habe bei Regirock drei! Monate gebraucht. Im Schnitt passt das dann wieder. Man kann bei der Shiny Suche ben extremes Glück und Pech haben, aber deswegen sollte man nicht die Wahrscheinlichkeiten in Frage stellen.