zu 1.) Du kannst dein Pokemon man zwar in die Pension stecken, aber das Umstellen der Zeit hilft dir da nicht. Die durch die Pension erhaltenen EVs gehen nämlich nach den Schritten, die der Protagonist läuft. Bringen wird dir das also nichts, zudem werden Aktionen wie die Einklangspassage oder die DreamWorld für ein bis zwei Tage nicht verfügbar sein.
zu 2.) Manche Pokemon geben einen EV-Punkt, andere zwei und wieder andere mehr, das stimmt schon. Wie du du die Strichliste letztendlich machst, ist dir überlassen, aber ich denke das man schneller durcheinander kommt, wenn man nur alle vier (oder zwei) Gegner einen Strich, beziehungsweise ein Kreuz macht. Ich persönlich finde es besser, jeden erhaltenen EV-Punkt zu dokumentieren. Solange du die Übersicht behältst und dich nicht verzählst, kannst du die Liste führen wie du willst.
zu 3.) Du kannst neben der Pension (in der du das Pokemon natürlich auch trainieren kannst, musst nur einiges laufen) auch in dem Dojo der Einklangspassage oder mit Sonderbonbons hochtrainieren. Eine weitere Alternative wäre, dass du EVs verteilst und sie mit den Beeren Nummer 21 - 26 nachträglich wieder entfernst, du brauchst dafür eben die Beeren.