Zuerst mal: Ich spiel beide Spiele schon ewig und ich weiß wie man die ganzen nervigen Endgegner (jedenfalls alle der Hauptstorys) bezwingt.
FALL A:
Benötigte Items: (Flairsamen, Chaossamen, Schlafsamen o.ä.), Belebersamen, Sinelbeeren, Bänder, Top-Elixier bzw. Elixier, Georockbrock o.ä.
1.: Rüste deine Pokémon erst mal mit Bändern aus um sie stärker zu machen
2.: Wirf einen Georockbrock oder mach Fernkampfattacken, falls der Gegner nicht direkt vor dir steht.
3.: Wenn er genau vor dir steht verwende am besten Flairsamen oder Rauchwolke, es sei denn er hat diesen Zustand bereits. In diesem Falle greif ihn mit der stärksten Attacke an. Gehe immer so das du ihn entweder mit einer Fernkampfattacke erwischt oder gleich mit Nahkampf falls es günstiger ist.
Wiederhole Schritt 2 - 3 immer wieder.
FALL B:
Bei Entgegnern die aus ganzen Gruppen bestehen erweist sich z.B. Pikachu und Glumanda als Nützlich. Glumanda mit Hitzekoller greift alle Gegner um es herum an. Pikachu mit (Ladungsstoß glaub ich hieß es) greift alle Gegner im Raum mit guten Schaden an. Schutzschild oder andere Abwehrende Attacken und Items könnten sich als Nützlich erweisen.
Mir bekannte Attacken für diese Vorgehensweise:
Ladungsstoß
Hitzekoller
Donnerblitz
Vakuumstoß
SONSTIGES:
1.: Verwende keine Orbs, sie haben bei Endbossen oft oder immer keine Wirkung.
Der Partner:
a.: Lass ihn mit entsprechenden Taktik Einstellungen immer Fernkampfattacken (oder Raumattacken aus "FALL B") einsetzen, somit ist er sicher und geht nicht im Weg um. Stelle für jede Runde nur eine einsetzbare Attacke ein und die Taktik so das er Nicht in den Nahkampf mit dem Gegner kommt, es sei denn "b". IQ: Attacken Nutzer. Damit hast du die perfekte Kontrolle über deinen Freund.
b.: Wenn er keine Fernkampfattacken kann sondern nur Nahkampf, stell die Taktik auf "dem Gegner hinterher" sobald er seinen Speziellen Zustand hat. IQ: Attacken Nutzer und Als Attacke die stärkste die er hat. Wenn der Boss wieder angreifen kann stell die Taktik auf AbstandHalten oder so, ich weis die leider nicht auswendig, aber es müsste eine dafür geben.
Sonstige Nervige Umstände:
Sollte der Gegner resistent gegen Flairsamen und co. sein durch spezielle Fähigkeiten oder sonstiges, versuchs mal mit Schutzschild oder diesen Spigel der die Attacken reflektiert. Aber versuch erst mal alle Items und Attacken durch (Gähner, Flairsamen, Chaossamen, Schlafsamen, Verliebendingens, Rauchwolke, Angeberei (Verwirrung ist riskant, es kann immer noch treffen), und was mir jetzt nicht einfällt). Es gibt auch Attacken die den Gegner ein Feld zurückwerfen, versuch das dann auch mal.
Hoffe ich konnte euch helfen bzw. hoffe das keine großartigen Rechtschreib und Grammatikfehler drin sind. 
MFG
Torben