In der letzten Folge wurden Groudon und Kyogre auf die Welt losgelassen während Team Aqua und Team Magma versuchen ihre Ziele zu verfolgen. Als wäre dies nicht schon schlimm genug, leidet Pikachu unter der absorbierten blauen Kugel...
Adrian und Mark, die Chefs von Team Aqua und Team Magma beginnen an Land einen Kampf bei dem Team Magma unterlegen ist. Adrian vom Team Aqua fliegt mit seinem Hubschrauber einfach davon und befiehlt vom Himmel aus Kyogre das Land im Meer versinken zu lassen. Mark und der verkleidete Siegfried versuchen Adrian zu warnen, dass die rote Kugel ihn beeinflussen wird. Doch dieser ignoriert die Warnungen. Auch als Siegfried alles aufklären versucht bringt es nichts.
An Bord des Team Magma Hubschraubers treffen Maike, Max und Rocko mit Siegfried zusammen. Gemeinsam gehen alle Ash im Hubschrauber besuchen, der immer noch mächtig Probleme mit dem durchgedrehten Pikachu hat. Zuerst wird Ash aus seinem Gefängnis im Hubschrauber befreit. Anschließend vereinbaren alle, dass Siegfried sich um die Teams kümmert, während Ash und seine Freunde Pikachu suchen sollen...