Lugia stellt einen Watatsumi dar. Das ist der Kami (Gott) der Meer und kommt aus der japanischen Mythologie.
Ho-Oh stellt nicht einen Phönix dar, sondern einen Fenghuang (Ein Fabelwesen) dar. In China ist er ein Glückssymbol, der den südlichen Teil des Kaiser-Palastes beschützt.
Aber wie gesagt, da hat man nicht so weit gedacht.