Aber genau das war ja in der Vergangenheit die Herkunft der Bad Eggs. Das Spiel bemerkt einen Fehler in einer Pokémon-Datei und überschreibt diese Datei mit dem Eier-Layout, um schlimmeres zu verhindern.
Da die derzeitigen Bad Eggs nicht von einem Spiel zum anderen übertragen werden können, ist jeder, der nicht cheatet, ziemlich sicher vor den Dingern.
Das einzige, was eben noch drohen könnte, ist, dass solche Eier unverschuldet entstehen, etwa wenn die SD-Card nicht in ordnung ist oder der 3DS eine Macke hat.
Wenn deine Beschreibung stimmt, sollte der Klon vom Ausgangssystem doch beim nächsten Start sehr schnell erkannt und in ein Bad Egg verwandelt werden, wodurch er nicht mehr vertauscht werden kann. Wenn man einen Klon bekommen sollte - was man nicht erkennen kann - sollte dieser doch ein "perfekter" Klon sein, der fehlerfrei erzeugt wurde.
Nicht schön, aber keine Katastrophe.