Leute mäßigt mal euren Ton das ist ja Ekelhaft wie ihr hier zum Teil mit Usern umgeht. Hier wurde um Hilfe und ratschläge eines Problems geworben und prompt kriegt der user ne Breitseite von euch ala "hast gecheatet" etc.
Um mal auf das Problem zu sprechen zu kommen: ich habe mich grade mal für dich im Web nach einer Lösung umgesehen und bin dabei auf das hier gestoßen: http://www.gamefaqs.com/boards/696959-pokemon-x/68556679
Den Kommentaren nach zu Urteilen könnte es sich um einen bisher eher seltenen Glitch handeln.
Es scheint auch noch ein paar weitere Pokérus Glitches zu geben wobei ich mich da mal bedekt halte, ob da mänlich etwas dran ist ist eine andere Sache. So sollen zum Beispiel Pokémon die den Pokérus tragen und sich entwickeln diesen weder Loswerden noch weitergeben können. Man findet via Google vereinzelt Beiträge diesbezüglich wenn man nach "Pokémon X/Y Pokérus bug/glitch" sucht.
Hoffe das hilft dir etwas weiter. An sonsten könntest du mal Nintendo anschreiben falls du dies nicht schon getan hast. Wobei ich bezweifle das die mal eine hilfreiche Antwort geben werden :/