Also für mich ist diese kleine Gebühr wirklich kein Ende der Welt.
Es kostet nun ja wirklich nicht viel und man hat ja immer noch auch die Möglichkeit darauf zu verzichten, sofern man keine Pokémon übertragen will und kann sich die aus älteren Generationen, die man in Y und X nicht bekommt, von anderen ja tauschen lassen.
Da das ganze auf einem Server läuft, ist es verständlich, dass sie dafür Geld brauchen, um ihn in Stand zu halten und auch die Löschung von Pokémon, wenn die Gebühr nicht bezahlt wird, halte ich für sinnvoll. Ansonsten würden irgendwann tausende von Lagerungen auf dem Server sein, die vermutlich eh nie wieder angefasst werden würden. Dann würde nur Platz fehlen und diejenigen, die es noch nutzen müssen dann dafür herhalten.
Die Tatsache, dass sich Items nicht lagern lassen, lässt mich schon sehr stark vermuten, dass Pokémon Bank noch lange nicht ausgereift und fertig ist. So wie ich Nintendo kenne, werden erst nach und nach Features hinzukommen, von daher bin ich mir ziemlich sicher, dass irgendwann auch Items lagerbar sein werden, sofern Pokémon Bank auch anschlägt und ein Erfolg wird.
Der Nintendo 3DS und auch X und Y sind nun mal wirklich eine ganz neue Generation von Spielen und Konsolen. Es ist normal dass man nicht alle Generationen von Technologien aufeinander kompatibel machen kann, das ist schon immer so gewesen und wird auch hier nicht anders sein. Von daher... nein, ich glaube kaum, dass man das mit Pokémon Bank wirklich anders hätte lösen können, jedenfalls nicht zum besseren.
Ausserdem wie gesagt... hier im BB gibt es massenhaft Basare, in denen man Pokémon ertauschen kann.
Wem also die knappen 5 Euro zu teuer sind, kann sich die Pokis auch einfach auf X und Y ertauschen.