Nicht wirklich, Necrozma wird zwar als "böse" aufgebaut, aber sobald man in Ultrametropolis ist, heißt es wieder, dass Necrozma "furchtbare Schmerzen" hätte und es sich deswegen so verhält, wie es tat.
Egal, ob man U-Necrozma jetzt als böse oder nur als "Opfer der Umstände" bezeichnen möchte, so ist es dennoch der Hauptantagonist der Hauptstory von US/UM und der finale Gegner von eben dieser und näher werden wir wahrscheinlich auch nie an einem feindlichen Pokémon herankommen, da du ja richtig sagst, dass TPC und GF nur ungern Pokémon als "böse" darstellen. (Hat sich GF nicht einmal dazu in einem Interview mal geäußert? Sie meinten doch, es gäbe keine bösen Pokémon oder dergleichen.)
Pokémon sind von Natur aus unschuldig und freundlich, alles Böse geht immer nur vom Menschen aus. Ein Weltbild, mit dem man sich ganz gut identifizieren kann.^^