Ich denke nicht, dass man Megas mit einbeziehen darf in diese Rechnung, da sie keine neuen Pokemon sind die überhaupt einen Pokedex Eintrag haben, im Gegensatz zu Alolas die sich dauerhaft und immerwährend unterscheiden.
Das Konzept der Megas ist aber immer noch, den Platz von neuen Pokemon zu füllen, damit man nicht wieder 100 neue Pokemon designen braucht. Somit sind sie als echte Pokemon gedacht. Oder als Ersatz für die echten. Somit kann man die Megasteine die man in der Story bekommen kann mitzählen.